NGS

Sequenziamento con tecnologie short-e long-reads

La core Facility di genomica dispone di diverse tecnologie di sequenziamento di nuova generazione per determinare l'ordine preciso delle basi del DNA.

Tecnologie short-read producono sequenze di breve durata tra cui Illumina (NovaSeq6000, MiSeq e MiSeq Dx, NextSeq 550 Sequencing System) e Thermo Fisher (Genexus), mentre tecnologie long-read producono sequenze più lunghe con una maggiore accuratezza tra cui Oxford Nanopore Technologies (GridION). Questi sequenziatori sono supportati da sistemi automatizzati per la preparazione di librerie ad alta processività (MagEx e NGS STAR, Hamilton).

single cell Profiling

La core facility di “Single Cell Profiling” utilizza tecnologie per analizzare singole cellule, permettendo una comprensione più dettagliata della biologia cellulare e della funzione genetica. Nel Laboratorio di sequenziamento Single Cell (scSeq) del CRGS sono disponibili le più avanzate tecnologie per studi di genomica (DNA, RNA e epigenoma) a singola cellula e di trascrittomica spaziale. Il CRGS è equipaggiato con le piattaforme Chromium di 10X Genomics, SMARTer ICELL8 cx Single Cell di Takara, Tapestri di MissionBio e GeoMx Digital Spatial Profiler e nCounter® Analysis Systems di Nanostring. Il laboratorio dispone anche di tecnologie per la separazione e sorting di cellule per sequenziamento, tra cui un BD FACSMelody™, un citofluorimetro separatore, (SONY MA900) basato su chip micro-fluidici ed avanzata automazione che semplifica il sorting cellulare, un sistema (LeviCell - LevitasBIO) in grado di separare un ampio spettro di tipi di campioni grazie alle proprietà del loro campo magnetico e una tecnologia innovativa (DEPArray) che permette di identificare e separare le cellule con precisione, utilizzando immagini ad alta risoluzione in fluorescenza e in campo chiaro. Quest'ultimo è utile nell'isolamento di cellule tumorali circolanti.

Gene editing

La core facility “Gene editing” utilizza tecnologie per modificare i geni, come CRISPR/Cas9, per studiare la funzione dei geni e sviluppare possibili terapie genetiche. Il CRGS offre la possibilità di verificare l’efficienza di gene editing a valle delle procedure di silenziamento genico mediato da CRISPR-Cas9. A tale scopo, il sequenziamento di nuova generazione (NGS) di ampliconi derivanti dalla popolazione cellulare modificata oppure il sequenziamento Sanger di ampliconi clonati in plasmidi, possono fornire una stima accurata della percentuale di editing oltre ad una valutazione specifica delle modifiche inserite.

CENTRO DI CALCOLO E STORAGE DATI AD ELEVATA CAPACITA’

Ciascun nodo del CRGS dispone della propria infrastruttura di calcolo (HPC) che è in grado di archiviare, elaborare dati ed eseguire calcoli complessi ad alta velocità.